تمثل المعهد في المستوى الجهوي ست وحدات : تونس-جندوبة-سوسة-صفاقس-توزر-مدنين-
مشمولات الهياكل الجهوية
: تمثيل الإدارة العامة في الجهة
تنفيذ توجيهات الإدارات المركزية
توفير المساعدة في مجال الرصد الجوي على المستوى الجهوي
الإسهام في دراسة العوامل الجوية التي من شأنها أن تساعد على التنمية الإقتصادية للجهة .
إدارة أنشطة المحطات الراجعة لها بالنظر
وزيادة على ذلك، للمعهد شبكة أرصاد مصنفة حسب نوع المحطة:
شبكة محطات سينبتيكية : 26 محطة
شبكة محطات الرصد الجوي الزراعي : 31 محطة
شبكة محطات مناخية : 58 محطة
شبكة محطات قيس الأمطار : 208 محطة
شبكة الرادار : جهاز واحد
شبكة محطات قيس الزلازل : 15 محطة
شبكة لقياس تلوث طبقات الجو : محطة واحدة
شبكة المحطات البحرية : 7 محطات
تمثيل الإدارة العامة في الجهة 